Ο Σπύρος Μουστακλής γεννήθηκε στο Μεσολόγγι. Αποφοίτησε από τη Στρατιωτική Σχολή Ευελπίδων το 1948.

Κατετάγη εθελοντής στην Εθνική Αντίσταση στην οργάνωση Ε.Ο.Ε.Α.- Ε.Δ.Ε.Σ. του Ναπολέοντα Ζέρβα στις 2/4/1943 μέχρι την 12/2/1945.

Ως μέλος της οργάνωσης έλαβε μέρος στις παρακάτω μάχες:

• 4/7/1943 στη Γέφυρα Αχελώου κατά των Ιταλών.

• 16-17/7/1943 στη Μακρυνόρο, Σαραντίνα Κρίκελο κατά των Ιταλών.

• 2-3/10/1943 στον Άγιο Γεώργιο Καστανοχωρίου (Τσακνοχώρι) κατά των Γερμανών.

• 16-17/10/1943 στους Χαλκιοπούλους Βάλτου κατά των ΕΛΑΣιτών.

• 21/10/1943 στη μάχη Τετρακώμου κατά των Γερμανών.

• 3-7/9/1944 στο Κορφοβούνι και Φιλιππιάδα κατά των Γερμανών.

• 21/12/1944 στον Προφήτη Ηλία Άρτας κατά ΕΛΑΣιτών, στην οποία τραυματίσθηκε (συντριπτικό κάταγμα περόνης) και διακομίσθηκε για νοσηλεία στο Συμμαχικό Στρατιωτικό Νοσοκομείο στο Μπάρι της Ιταλίας.

Έλαβε μέρος στον εμφύλιο πόλεμο (1948-1949) ως ανθυπολοχαγός (Μάχες Βελούτας, Τούρκα Βάλτου, Γέφυρα Κόρακα Τριχωνίδος, Τρίκορφο κ.λπ.) και στη συνέχεια συμμετείχε στον πόλεμο της Κορέας ως υπολοχαγός.

Κατά τη διάρκεια της Δικτατορίας συμμετείχε στο κίνημα του Ναυτικού.

Συνεργάστηκε με τους αξιωματικούς του ναυτικού ως ταγματάρχης και ήταν από τους λίγους αξιωματικούς του στρατού που πήραν μέρος.

Το κίνημα του Ναυτικού προδόθηκε πριν την εκδήλωσή του, με αποτέλεσμα μεταξύ των αξιωματικών να συλληφθεί στις 22/05/1973 και ο ίδιος. Μετά τη σύλληψή του φυλακίστηκε στα κρατητήρια του ΕΑΤ-ΕΣΑ όπου βασανίστηκε για περισσότερες από 45 ημέρες. Κατά τη διάρκεια των βασανιστηρίων που του έγιναν, από ομάδα υπό του βασανιστή Αναστασίου Σπανού, τα χτυπήματα στην καρωτίδα του προκάλεσαν εγκεφαλικό επεισόδιο με αποτέλεσμα να διακομιστεί (με καθυστέρηση πολλών ωρών) στο 401 Γ.Σ.Ν.Α., όπου εισήλθε με το ψευδώνυμο "Μιχαηλίδης" και αιτιολογία εισαγωγής "τρακάρισμα στον Ιππόδρομο". Από τα χτυπήματα προκλήθηκε ολική παράλυση των δεξιών του άνω και κάτω άκρων. Αργότερα μεταφέρθηκε στην Πολυκλινική Αθηνών και ακολούθως στο ΚΑΤ, για να υποβληθεί σε φυσικοθεραπείες για την αποκατάσταση του, καταφέρνοντας να περπατήσει, αλλά χωρίς να καταφέρει να μιλήσει.

Απεβίωσε στις 28/04/1986. 

Μετά τον θάνατό του, δόθηκε τιμητικά ο βαθμός του Αντιστράτηγου και το όνομά του στο κέντρο νεοσυλλέκτων του Μεσολογγίου (2/39 Σύνταγμα Ευζώνων) όπου υπάρχει και η προτομή του.

Προτομή του επίσης έχει ανεγερθεί στα πρώην κρατητήρια του ΕΑΤ-ΕΣΑ (σήμερα πάρκο Ελευθερίας) στην Αθήνα.