Ο Εμμανουήλ Ξάνθος γεννήθηκε στην Πάτμο το 1772 και έζησε αρχικά στη Σμύρνη και έπειτα στην Ιταλία και συγκεκριμένα στην Τεργέστη, όπου και δούλεψε ως υπάλληλος σε εμπορική επιχείρηση.

Το 1810 εγκαταστάθηκε στην Οδησσό, και αφού δούλεψε ως γραμματικός του εμπόρου Βασιλείου Ξένη, το 1812 γνωρίζεται στην Κωνσταντινούπολη με δύο εμπόρους από τα Ιωάννινα. Το 1814, αποφασίζουν να δημιουργήσουν δική τους εμπορική εταιρεία. Κατά το 1813, πραγματοποιεί εμπορικά ταξίδια στην Πρέβεζα, στα Ιωάννινα και στη Λευκάδα.

Επιστρέφοντας στην Οδησσό, ανακοινώνει στους Αθανάσιο Τσακάλωφ και Νικόλαο Σκουφά τις ιδέες του και με τον τρόπο αυτό, ιδρύεται η Φιλική Εταιρεία το 1814. Ο Ξάνθος αναλαμβάνει καθήκοντα ταμία και γραμματέα, ενώ παράλληλα χρησιμοποιείται ως σύνδεσμος με τα άλλα ηγετικά μέλη. Είχε το ψευδώνυμο «Θεοδωρίδης».

Το 1819 ο Ξάνθος μεταβαίνει στη Ρωσία, με σκοπό να προτείνει την αρχηγία της Φιλικής Εταιρείας στον Ιωάννη Καποδίστρια, πρόσωπο που οι τρεις ιδρυτές οραματίζονταν ως την «Ανωτάτη Αρχή».

Φτάνει τον Ιανουάριο του 1820 στην Αγία Πετρούπολη, όπου και συναντά την άρνηση του Καποδίστρια να αναλάβει την αρχηγία, ο οποίος, γνωρίζοντας τις δυσμενείς συνθήκες που επικρατούσαν στην Ευρώπη έναντι των φιλελευθέρων και εθνικοαπελευθερωτικών κινημάτων των λαών και υπολογίζοντας τις συνέπειες μιας λαϊκής εξέγερσης, προσπάθησε να πείσει τον Ξάνθο για την ανάγκη να αναβληθούν οι επαναστατικές ενέργειες, ωσότου έρθουν πιο κατάλληλες περιστάσεις που θα ευνοήσουν την απόπειρα αυτή.

Έτσι, ο Ξάνθος προτείνει την αρχηγία της Εταιρείας στον Αλέξανδρο Υψηλάντη, πρόσωπο που έχαιρε της εκτίμησης των συμπατριωτών του και που, ως υπασπιστής του τσάρου, θα μπορούσε ίσως να επηρεάσει θετικά τη στάση της Ρωσίας για πιθανή επανάσταση στον ελλαδικό χώρο, ο οποίος και δέχεται. Από εκείνη τη στιγμή, ο Εμμανουήλ Ξάνθος διατηρεί στενή συνεργασία με τον Υψηλάντη και γίνονται προσπάθειες για το συντονισμό του έργου στις Παραδουνάβιες Ηγεμονίες.

Μετά το τέλος της επαναστάσεως στην περιοχή της Μολδοβλαχίας, ο Ξάνθος μεταβαίνει στην Ιταλία και συνεχίζει προς την Πελοπόννησο, η οποία είχε ήδη επαναστατήσει. Στην περιοχή αυτή θα μείνει ως το 1826, οπότε και φεύγει για την Αυστρία, προκειμένου να οργανώσει την απόδραση από το Μουγκάτς του Αλέξανδρου Υψηλάντη. Η επιχείρηση απέτυχε και αναγκάστηκε να φύγει για τη Βλαχία.

Παραμένει στη Βλαχία ως το 1837, οπότε και παίρνει την απόφαση να επιστρέψει στην Ελλάδα. Δυο χρόνια αργότερα, διορίζεται σε διοικητική θέση στην Ύδρα κι αργότερα στο Ελεγκτικό Συνέδριο, απολύθηκε όμως ύστερα από λίγο καιρό. 

Έζησε τα υπόλοιπα χρόνια της ζωής του σε πλήρη ανέχεια, μάταια αποζητώντας από το Δημόσιο σύνταξη, ή έστω ένα ελάχιστο βοήθημα. 

Απεβίωσε στην Αθήνα, στις 28/11/1852.