Μετά τη Μάχη της Κρήτης, η Ανατολική Κρήτη περιήλθε σε Ιταλική Κατοχή. Οι Ιταλοί γενικά δεν είχαν ιδιαίτερη παρουσία στη Βιάννο και αυτό ευνόησε την δράση ομάδων αντίστασης. Στις αρχές του 1943, οι πληροφορίες ότι οι Σύμμαχοι έχουν σκοπό να εισβάλουν στην Κρήτη, οδήγησαν τους Ιταλούς στην εγκατάσταση φρουρίων στην περιοχή. Τον Μάιο του 1943, οι Γερμανοί κατασκεύασαν ένα φυλάκιο με 3 άνδρες στην Κάτω Σύμη. Στις 10/09/1943, αντάρτες με αρχηγό το Μανώλη Μπαντουβά, σκότωσαν τους 2 στρατιώτες.

Όταν τα νέα έφτασαν στους αξιωματικούς, διατάχθηκε μονάδα πεζικού να μεταβεί στο σημείο για να διερευνήσει το περιστατικό. Στο φαράγγι της Κάτω Σύμης όμως είχε στήσει ενέδρα ο Μπαντουβάς με 40 άνδρες, περιμένοντας τους Γερμανούς. Το πρωί της 12/09/1943, οι Γερμανοί δέχτηκαν επίθεση και σφοδρή μάχη κράτησε ως το βράδυ. Το αποτέλεσμα ήταν να σκοτωθούν 84 Γερμανοί, ενώ οι αντάρτες αποσύρθηκαν στα βουνά.

Έξαλλος ο Γερμανός διοικητής Friedrich-Wilhelm Muller, γνωστός ως «Χασάπης των Κρητικών», διέταξε τα στρατεύματα του να ισοπεδώσουν την επαρχία της Βιάννου και να εκτελέσουν όλους τους άνδρες μεγαλύτερους από 16 ετών, καθώς και οποιονδήποτε συλληφθεί στην ύπαιθρο ανεξαρτήτως φύλου ή ηλικίας.

Στις 13/09/1943, οι Γερμανικές δυνάμεις με περισσότερους από 2.000 άνδρες εισέβαλαν στα χωριά της επαρχίας από διάφορες κατευθύνσεις. Στην αρχή διαβεβαίωσαν τους κατοίκους ότι οι προθέσεις τους ήταν ειρηνικές, πείθοντας πολλούς από τους άνδρες που είχαν καταφύγει στα βουνά να επιστρέψουν στα σπίτια τους. Την επόμενη ημέρα ξεκίνησαν αδιάκριτα μαζικές εκτελέσεις, βασανιστήρια, συλλήψεις, λεηλασίες, εμπρησμούς, βανδαλισμούς και ανατινάξεις. Ακόμα και τα παιδιά, οι ανάπηροι και οι ηλικιωμένοι δε γλύτωσαν από τη μανία της καταστροφής. Μετά την καταστροφή απαγορεύτηκε στους επιζήσαντες να θάψουν τους νεκρούς τους ή να επιστρέψουν στα χωριά τους, τα περισσότερα από τα οποία είχαν καεί ολοσχερώς.

Οι Γερμανοί εκτέλεσαν μαζικά περισσότερους από 500 άμαχους από 20 περίπου χωριά της Βιάννου, όπως Κάτω Σύμη, Αμιρά, Πεύκος, Άγιος Βασίλειος, Άνω Βιάννος, Κρεβατάς, Καλάμι, Ρίζα, Μουρνιές, Μύθοι, Μάλλες, κα. Σήμερα σε όλα τα χωριά υπάρχουν μνημεία για τους εκτελεσθέντες κατοίκους τους.

Όταν ο στρατηγός Muller συνελήφθη από τον Κόκκινο Στρατό στην Ανατολική Πρωσία, εκδόθηκε στην Ελλάδα. Μαζί με τον Bruno Brauer, Γερμανό διοικητή της Κρήτης, καταδικάσθηκαν για εγκλήματα πολέμου από ελληνικό στρατιωτικό δικαστήριο και εκτελέστηκαν στις 20/05/1947.