Ο Ευγένιος Σπαθάρης γεννήθηκε στην Κηφισιά το 1924.

Μετά τις εγκύκλιες σπουδές του άρχισε να ασχολείται με τη ζωγραφική και ιδιαίτερα με τους ήρωες του θεάτρου σκιών, από τους πρωτοπόρους του οποίου ήταν ο πατέρας του, Σωτήρης Σπαθάρης, ο οποίος απεβίωσε το 1974.

Το γεγονός αυτό τον εξοικείωσε με το καλλιτεχνικό αυτό είδος και ξεκίνησε να δίνει ο ίδιος παραστάσεις, αρχικά στη διάρκεια της κατοχής, σε θέατρα της Αθήνας, σε πρεσβείες, στη Γεννάδειο Βιβλιοθήκη κ.α. Από τότε, έδωσε πληθώρα παραστάσεων, τόσο στην Ελλάδα, όσο και σε χώρες του εξωτερικού, συμμετέχοντας σε διεθνή φεστιβάλ και συνέδρια ειδικά για το θέατρο σκιών.

Παρουσίασε πολλά έργα με ήρωα τον Καραγκιόζη, τόσο ως άψυχο υλικό (φιγούρες ηρώων), όσο και σε έμψυχη (ζωντανή) παράσταση με ηθοποιούς, στο Κρατικό Θέατρο Β. Ελλάδος, στο «Ελληνικό Χορόδραμα», στο Θέατρο Χατζώκου (Θεσσαλονίκη), στο Θέατρο Συντεχνίας κ.α. με τις παραστάσεις «Το ταξίδι», «Το καταραμένο φίδι», «Ο δικτάτορας», «Ο Αλέκος με τα κυδώνια» κ.ά.

Από το 1949 επιδίδεται και στη ζωγραφική, παρουσιάζοντας το έργο του σε 35 εκθέσεις.

Ο Ευγένιος Σπαθάρης ήταν μέλος του Καλλιτεχνικού Επιμελητηρίου Ελλάδος και του Ινστιτούτου Παγκοσμίου Θεάτρου της UNESCO.

Έκανε περιοδείες σε πολλές χώρες λαμβάνοντας μέρος σε διάφορα φεστιβάλ και συνέδρια όπως: Παρίσι, Λιέγη, Ρώμη, Κάιρο, Λονδίνο, Κοπεγχάγη. Αλλά και ως ζωγράφος έλαβε μέρος σε πολλές εκθέσεις ατομικές και ομαδικές στην Αθήνα, Ζυρίχη, Παρίσι και Νέα Υόρκη.

Τιμήθηκε με το Βραβείο Ρώμης (1962), με το Α' Μετάλλιο του Πρίγκιπα του Μοντ, το Α' Βραβείο Πολωνίας (1978), το Α' Μετάλλιο Τοσκανίνι (Ιταλία) το 1978 κ.α. Τέλος, το 2007 τιμήθηκε ιδιαίτερα από το ελληνικό υπουργείο Πολιτισμού για τη μεγάλη του προσφορά στο καλλιτεχνικό αυτό είδος, για το οποίο του αναγνωρίστηκε ο τίτλος του μεγάλου δασκάλου.

Το 1991 ιδρύθηκε το «Σπαθάρειο Μουσείο Θεάτρου Σκιών» Δήμου Αμαρουσίου, το οποίο λειτουργεί συστηματικά από το 1996, με στόχο την προβολή του θεάτρου σκιών και του καραγκιόζη. Διευθύντρια του είναι η κόρη του Μένια.

Στις 06/05/2009 και ενώ βρισκόταν στο Ινστιτούτο Γκαίτε Αθηνών για να παραστεί σε εκδήλωση προς τιμήν του, έχασε την ισορροπία του και έπεσε από σκάλες, με αποτέλεσμα τον θανάσιμο τραυματισμό του. Τελικά, στις 09/05/2009, ύστερα από 3 ημέρες νοσηλείας απεβίωσε, σε ηλικία 85 ετών.