Ο Νικόλαος Μουσχουντής γεννήθηκε το 1906 στην Αθήνα και κατάγονταν από εύπορη αστική οικογένεια.

Έμεινε ορφανός από πατέρα σε νεαρή ηλικία και το 1926 κατατάχθηκε στην Σχολή Υπαξιωματικών της Χωροφυλακής, από την οποία αποφοίτησε τον επόμενο χρόνο με τον βαθμό του Ενωμοτάρχη.

Υπηρέτησε στην Διοίκηση Χωροφυλακής Αττικής και το 1927 μετατέθηκε στο αστυνομικό τμήμα Κηφισιάς, ενώ φοιτούσε παράλληλα στην Νομική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών.

Όταν ο Διοικητής του Γεώργιος Ντάκος, μετατέθηκε στη Θεσσαλονίκη με καθήκοντα υποδιοικητή της Αστυνομίας, γνωρίζοντας την αξία του Μουσχουντή, του ζήτησε να τον ακολουθήσει στη Βόρεια Ελλάδα.

Το 1934 ο Μουσχουντής προήχθη σε Ανθυπασπιστή και ταυτοχρόνως μετατέθηκε στην Αστυνομική Διεύθυνση Θεσσαλονίκης.

Το 1937, ως Ανθυπομοίραρχος, πέτυχε την αποκάλυψη των πραγματικών στοιχείων της ταυτότητας του μεγαλοαπατεώνα Πιέρ Ζαρίφη στο Παρίσι, τον οποίο καταζητούσαν οι αστυνομικές υπηρεσίες πολλών χωρών. 

Αργότερα, εξιχνίασε, μεταξύ άλλων, την υπόθεση της δολοφονίας του Αμερικανού δημοσιογράφου Τζορτζ Πολκ.

Στα μέσα της δεκαετίας του 1930, ο Μουσχουντής εξιχνίασε την υπόθεση της δολοφονίας πόρνης, για την οποία αρχικά κατηγορήθηκε ο Μάρκος Βαμβακάρης.

Ο Μουσχουντής είναι επίσης γνωστός ως κουμπάρος του διάσημου μουσικοσυνθέτη Βασίλη Τσιτσάνη.

Ο Μουσχουντής πέθανε ξαφνικά στις 16/03/1958, από καρδιακή ανακοπή στο σπίτι του στη Θεσσαλονίκη, ενώ ήταν εν ενεργεία. Έφερε τον βαθμό του Συνταγματάρχη της Χωροφυλακής και ήταν Αστυνομικός Διευθυντής της Θεσσαλονίκης.

Η νεκρώσιμη ακολουθία του τελέσθηκε στις στον Ιερό Ναό της Αγίας Σοφίας και τάφηκε σε τάφο που παραχώρησε ο Δήμος Θεσσαλονίκης, στα Κοιμητήρια της Ευαγγελιστρίας, στο Α' Νεκροταφείο της πόλεως.

Ο Μουσχουντής, που κατοικούσε σ' ένα μικρό διαμέρισμα στην Θεσσαλονίκη και συνοδεύονταν σχεδόν πάντα από τον οδηγό του Βαγγέλη Χαραλαμπίδη, ήταν άγαμος και δεν άφησε απογόνους.

Η αδελφή του Νικολάου Μουσχουντή, Δέσποινα Βρανά, δώρισε στην Μητρόπολη το οικόπεδο στο Μαρκόπουλο, στο οποίο ανηγέρθη στη μνήμη του ο ομώνυμος Ιερός Ναός.

Η προτομή του Νικολάου Μουσχουντή αποτελεί έργο του γνωστού γλύπτη και ζωγράφου, Γιάννη Μανιατάκου, το 2011.