Ο Νικόλαος Λούβαρις γεννήθηκε στην κοινότητα Αρνάδος της Τήνου το 1887. Η οικογένειά του εγκαταστάθηκε στην κοινότητα Κτικάδου όπου φοίτησε στο δημοτικό σχολείο (1890-1894). Στη συνέχεια φοίτησε στο Σχολαρχείο της Τήνου (1894-1897) και στο Πρότυπο Γυμνάσιο Αρρένων Αθηνών (1897-1900). Ακολούθως σπούδασε στη Ριζάρειο Σχολή (1900-1903) και στη Θεολογική Σχολή της Αθήνας (1904-1907).

Μετά την εκπλήρωση των στρατιωτικών του υποχρεώσεων διορίστηκε στο Σχολαρχείο της Ανάφης μέχρι το 1911, οπότε έλαβε υποτροφία του Ιερού Ιδρύματος Τήνου για τη συνέχιση των σπουδών του στη Γερμανία. Μεταξύ 1911 και 1914 σπούδασε Ερμηνευτική Θεολογία της Καινής Διαθήκης, Θρησκειολογία, Φιλοσοφία και Παιδαγωγική στο Πανεπιστήμιο της Λειψίας.

Το 1915 επέστρεψε στην Ελλάδα και υπηρέτησε ως καθηγητής των Παιδαγωγικών στο Αρσάκειο Διδασκαλείο Αθηνών, στο Διδασκαλείο Θηλέων Κέρκυρας και στο Διδασκαλείο Αρρένων Θεσσαλονίκης, στο οποίο διετέλεσε και διευθυντής μεταξύ 1918 και 1923.

Στη Θεσσαλονίκη εξελέγη Πρόεδρος της Ενώσεως Λειτουργών Μέσης Παιδείας Μακεδονίας.

Στα τέλη του 1919 ανέλαβε τη διεύθυνση του εκεί εκδιδόμενου περιοδικού «Γρηγόριος Παλαμάς».

Στις 25/10/1921 αναγορεύθηκε διδάκτορας της Θεολογίας με θέμα «Η εις πνεύματα πίστις κατά τους περί Χριστού χρόνους».

Το 1923, μετατέθηκε δυσμενώς για πολιτικούς λόγους στο Γυμνάσιο Πολυγύρου, υπέβαλε όμως την παραίτησή του και προσελήφθη ως Διευθυντής του ελληνικού τμήματος της Ιταλικής Σχολής Θεσσαλονίκης, μέχρι το 1925.

Στις 11/11/1925 εξελέγη παμψηφεί τακτικός καθηγητής της Εισαγωγής και της Ερμηνείας της Καινής Διαθήκης στη Θεολογική Σχολή Αθηνών.

Διετέλεσε γενικός γραμματέας του Υπουργείου Παιδείας δύο φορές τις περιόδους 1926-1928 και 1935-1936 και Υπουργός Παιδείας από 14/03/1936 έως 06/08/1936.

Υπήρξε ακόμη πρόεδρος της επιτροπής αναθεωρήσεως του Αναλυτικού Προγράμματος του μαθήματος των θρησκευτικών (1933), μέλος της Εφορίας του Παιδαγωγικού Κέντρου Αθηνών (1937) και υπουργικός επίτροπος του Κολλεγίου Αθηνών (1941).

Το 1931 ίδρυσε το περιοδικό «Κοσμοθεωρία».

Στις 29/04/1941 ήταν ένας από τους προτεινόμενους για υπουργοποίηση από τον Γεώργιο Τσολάκογλου. Όμως παραιτήθηκε αμέσως χωρίς να ορκιστεί, επικαλούμενος ως δικαιολογία την είσοδο των Ιταλών στην Αθήνα.

Ο Λούβαρις, ο οποίος θεωρείτο εγγυητής της διατήρησης μιας στάσης ανοχής της Εκκλησίας της Ελλάδος απέναντι στις Γερμανικές κατοχικές δυνάμεις, συνέβαλε στην αποκατάσταση της εμπιστοσύνης προς το πρόσωπο του Αρχιεπισκόπου Δαμασκηνού εκ μέρους των Γερμανών.

Στην τρίτη κατοχική κυβέρνηση του Ιωάννη Ράλλη από τις 07/04/1943 έως τις 12/10/1944 έγινε υπουργός Θρησκευμάτων και Εθνικής Παιδείας και υπουργός Εθνικής Προνοίας, κατόπιν έντονης πίεσης του Αρχιεπισκόπου Δαμασκηνού, κατά ισχυρισμό του καθηγητή Ρηγόπουλου. Αν και ο Αρχιεπίσκοπος Δαμασκηνός κλήθηκε στη δίκη από τον Λούβαρι ως μάρτυρας υπεράσπισης αυτός δεν παρέστη. Μετά την Απελευθέρωση, απολύθηκε από το Πανεπιστήμιο Αθηνών λόγω της δίκης και καταδίκης του σε πενταετή φυλάκιση ως συνεργάτης των ναζιστών επί Κατοχής και τη συμμετοχή του στην κατοχική κυβέρνηση του Ιωάννη Ράλλη.

Ο ίδιος στα Απομνημονεύματά του γράφει ότι η συμμετοχή του στην τελευταία κατοχική κυβέρνηση υπαγορεύθηκε από το αίσθημα ευθύνης του ως πνευματικού ανθρώπου απέναντι στην πατρίδα του και των συνανθρώπων του απέναντι της μανίας του ναζιστικού τέρατος.

Επανήλθε στην έδρα του το 1949 και στις 31/08/1955 συνταξιοδοτήθηκε λόγω ορίου ηλικίας.

Διετέλεσε κοσμήτορας της Θεολογικής Σχολής Αθηνών 4 φορές κατά τα ακαδημαϊκά έτη 1931-1932, 1937-1938, 1941-1942, 1952-1953.

Κατά το ακαδημαϊκό έτος 1942-1943 υπήρξε αντιπρύτανης του Πανεπιστημίου Αθηνών.

Ο Λούβαρις δίδαξε επίσης Εισαγωγή στις πνευματικές επιστήμες, Ιστορία του Πολιτισμού και Ιστορία των Θρησκευμάτων στο τμήμα Πολιτικών και Οικονομικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Αθηνών, Εισαγωγή στη Φιλοσοφία στο Νομικό τμήμα της Νομικής Σχολής Αθηνών, Εισαγωγή στη φιλοσοφία και εισαγωγή στις πνευματικές επιστήμες στο Πάντειο Πανεπιστήμιο, του οποίου υπήρξε και πρόεδρος του Διοικητικού Συμβουλίου από το 1939 μέχρι το 1941.

Δίδαξε Φιλοσοφία και Ηθική Αγωγή στη Στρατιωτική Σχολή Ευελπίδων (1939-1940) και υπήρξε μέλος της Γερμανικής Φιλοσοφικής Εταιρείας του Βερολίνου και του Φιλολογικού Συλλόγου Παρνασσός από το 1932.

Το 1935 αναγορεύθηκε επίτιμος διδάκτορας της Θεολογικής Σχολής του Πανεπιστημίου της Χαϊδελβέργης και το 1959 της Θεολογικής Σχολής του Πανεπιστημίου της Θεσσαλονίκης.

Ο Λούβαρις θεωρείται ως ο βασικός εισηγητής των θρησκειοφιλοσοφικών σπουδών στην Ελλάδα: το μελέτημά του «Η φιλοσοφία της θρησκείας εν τω παρόντι» το 1916, μπορεί να θεωρηθεί ως η «ληξιαρχική πράξη γεννήσεώς της».

Πέτυχε, μάλιστα, με δική του εισήγηση την ίδρυση στη Θεολογική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών, ειδικής έδρας της Φιλοσοφίας της Θρησκείας μετά στοιχείων της Ψυχολογίας της θρησκείας, όπου δίδαξε κατ' ανάθεση από το 1953 έως το 1955.

Σε αυτόν οφείλεται, επίσης, η ίδρυση της έδρας φιλοσοφίας στην Πάντειο Ανωτάτη Σχολή Πολιτικών Επιστημών.

Στις 17/12/1960 εξελέγη τακτικό μέλος της Ακαδημίας Αθηνών.

Επίσης, ήταν μέλος της Μεγάλης Τεκτονικής Στοάς της Ελλάδας.

Απεβίωσε στις 26/03/1961 στην Αθήνα.